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tacodayoのブログ

ヨハネの黙示録に預言された時代に生きる現代人に必要な情報を発信していきたいと思います。

むやみに検査すると試薬も無くなるぞー!【追記】

PCR検査は三種類の試薬が必要との事。
これにプライマー(※1)とプローブ(※2)も。

国立感染症研究センター製セットを除くと(このセットも以下の製品かも)、
RNA抽出にはドイツのキアゲン社製試薬。
逆転写酵素はアメリカのサーモフィッシャーサイエンティフィック社製試薬※3。
全部輸入品。日本に工場有りません。


陽性コントロールは日本遺伝子研究所か~(めんどくさいんで止めました。つーか素人がいい加減なこと書いてもね)

※1.各種ウィルスだけに特徴的な短いRNA断片を人工的に作り出します。これを最初と最後に近いところに2つくっ付けただけで残り全部が増幅されます。
例 CTTTACCAGCACGTGCTAGAAGG

※2.蛍光物質。

※3.なんでも高温の海底火山周辺に住んでるバクテリアから発見されたとか。これがないと増幅に10時間ほどかかるそうな。

以下はPDFファイル
新型コロナウイルス PCR 検査の導入を検討している検査室の皆様へ(第 1 報 3/17 配信)
からの引用です。

新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の PCR 検査の日本でのキャパシティの低さが問題となっています。
臨床検査に従事するものとして、可能であれば自施設で実施して、これを高めたいもの
です。
導入にあたっての疑問を、日本臨床検査専門医会の会員から提供された情報をもとに、Q&A 形式でまとめました。
なお、検査に関する知見は日々更新しており、以下は 3 月上旬の情報に基づくものです。
今後も適宜、修正、更新する予定です。

Q1:PCR 検査のキャパシティがなかなか増えないのはなぜか?
A1:検査室側の事情として、以下の3つの問題があります。
1)試薬、特に陽性コントロールが入手困難→ A2 に示すように現在は入手可能です。

2)ウイルスの拡散を防ぐ biosafety level(BSL)の条件を満たす検査室が限られる。
→ BSL については、後述の感染研の検出マニュアル2ページをご参照ください。

3)人手不足(他の日常検査業務で手一杯
→ RNA 抽出装置などの利用が望まれます。

Q2:試薬(プライマー、プローブ、陽性コントロール)はどうすれば入手できるのか?
A2:現時点で以下の3つの方法があります。
1)国立感染症研究所(以下、感染研)から分与されたものを用いる。→ 衛生研究所、大学病院、検査センターなどに限定して分与されました。
2)メーカーから検出キット(プライマー、プローブ、陽性コントロール)を購入する→ 複数のメーカーからのキットが出回るようになり、入手可能となってきました。
3)公開されている感染研の検出マニュアルをもとに試薬を準備する。→ 下記のサイトの検出マニュアル 3月4日版を参照してください。
https://www.niid.go.jp/niid/images/lab-manual/2019-nCoV20200304v2.pdf
・10 ページに記載されているプライマーとプローブをオリゴ作製業者に発注する。
・陽性コントロールとして、日本遺伝子研究所の N, N2 セットを購入する。
・9 ページ以下のリアルタイム one-step RT-PCR 法の記述に従って物品を準備する。

Q3:メーカーの検出キットの内容はどうなっているか、感度はどうか、保険は通るのか?
A3:複数のメーカーからキットが出ており、それぞれ内容が異なります。

(以下に)
海外で多く使用されているロシュのキットを例として説明します。
なお、筆者は企業との COI 関係はありません。
 
□キット内容:
増幅領域の異なる3種類のキットがあります。
1)LightMix Modular SARS and Wuhan CoV N-gene
2)LightMix Modular SARS and Wuhan CoV E-gene
3)LightMix Modular Wuhan CoV RdPR-gene

感染研マニュアル 13 ページの記述に合わせるのであれば、1)と2)を購入することになります。
各キットには、対象領域を増幅するプライマー、蛍光標識プローブ、陽性コントロールが入っています。

検出感度:
感染研マニュアル 13 ページに、ロシュのキットの感度は感染研キットと同等と考えられる旨の記載があります。
キット添付のマニュアルにも具体的なコピー数が記載されています。

他に必要なもの:
上記のキットには逆転写酵素や DNA 合成酵素がついていませんので、LightCycler Multiplex RNA Virus Master が必要です。
もちろん、ウイルス RNA 抽出キットやリアルタイム PCR 装置も必要です。

なお、RNA 抽出に対するコントロールとして、LightMix Modular EAV RNA Extraction Controlもあったほうが、精度管理上、好ましいと考えます。
(感染研マニュアルのやり方では、陰性となった場合に、その検体にウイルスがいなかったのか、RNA 抽出に失敗したのか区別がつきません)

保険の適用:
測定試薬の要件として“国立感染症研究所が作成した「病原体検出マニュアル 2019-nCoV」に記載されたもの”という記述があり、このキットは記載されているので、通ると思います。
ただし、施設要件(感染症指定病院と帰国者・接触者外来を開いている病院など)と患者要件をご確認ください。
検査は実施すればよいというものではなく、その精度管理が重要です。
さらには、検査対象の選定や結果の解釈の仕方など臨床上の課題もあります。
これらについては、適宜、情報提供を行う予定です。
(文責:日本臨床検査専門医会幹事 東田)

以下は
PCR論争に寄せて─PCR検査を行っている立場から検査の飛躍的増大を求める声に
西村秀一(国立病院機構仙台医療センター臨床研究部ウイルスセンター・臨床検査科。元米国疾病予防管理センター(CDC)客員研究員。元国立感染症研究所ウイルス一部主任研究官)
https://medical.nikkeibp.co.jp/leaf/all/report/t344/202004/565349.html
2020/04/30
からの引用です(一部書き加え編集してます。引用元を必ず参照の事)。

(略)
3.もうひとつの極めて大事な問題をここに提起する。それはRNA抽出キットとPCRキットの数である。
RT-PCR反応に必要なプライマー、プローブそして陽性コントロールは感染研から潤沢に配布されていて問題ない。
例えば当ラボでは現在PCRキットは優に2000反応分くらいの手持ちはある。

だが、
問題はRNA抽出キットである
(タコ注 3月上旬位までは陽性コントロール試薬のほうが不足していたのは前の引用の通り)。
RNAの抽出は、現在行われているPCR検査のほとんどで必須である。
これが400反応分くらいしかない。


各地方衛研ではどの程度持っているのであろうか。
ここで名前は出せないが、あるところからこっそり教えてもらったところ現有量は2000検体分もないという。
もう一か所では我々と同じくらいしかないという。
東京のような大都市の衛生研究所など、ところによって事情は異なるとは思うが、だいたいのところではそう変わらないのではないかと思う。
検査数を上げようとするのなら、これに関する現状の調査が必要であろう。

 なぜそれを問題にするかというと、実は
RNA抽出キットがすべて輸入品であるからである。
入手が難しくなってきている。
業者の話では、現在入荷するのは注文の20%程度だという。

それは、ご存じのように世界各国で膨大な数のPCR検査が行われていることと、無関係ではないと思われる。
いわばマスクやPPE同様、国際的争奪戦が繰り広げられている
可能性が高い。


PPE(個人防護具)やマスクで起きていることが検査キットでも起きていて、日本はその競争に完全に乗り遅れている。
もしこのまま手に入らなければ、例えば先に挙げた施設でも1日100検体近く検査したら1カ月も持たない。

 今後、そうした無制限の検査が行われた時、キットは間違いなく枯渇する。
が、その状況でもしこの冬流行第2波が日本で起きた時、PCR検査はできないことになるがそれで良いか?

いま、無駄撃ちを賢く抑え、次に備えて節約するという発想はないのか。

そこを覚悟の上での現状でのPCR検査の議論であってほしい。
(中略)
□編集部あとがき
本稿を書いているうちに、厚生労働省から自治体に向けに「新型ウイルス感染症に係るPCR検査試薬等の十分な確保について」という通知が出されていた(4月24日付)。

内容的には、(上記3のように)「世界的に安定供給が難しく」なっているので、必要なPCR検査が適切に実施できるよう、「衛研等に適切な購入を要請するように」とのことである。
さらに「いろんなメーカーのいろんな製品があるので自分たちでバリデーションして、いろんな製品で検査できるよう体制整備を図れ」というのである。
事実上、キット不足対策が現場に丸投げされている。
これで現場のこのPCR検査の危機が解決できると思う人は、どれだけいるだろうか。


大本営(タコ注 厚生労働省の例え)は各防衛部隊に機関銃を数台と新手の見張り番を送り、そこは充足しつつある。
だが機銃手はそれまでの闘いで疲労困憊。
手持ちの銃弾もあと少し。補給の目途もない。

かくして大本営は言う「弾は各部隊工夫して調達せよ」と。
そしていま目前の闇の中には小隊程度の敵がいて、遊撃戦でこちらをかく乱しつつ本隊に合流せんと退却(タコ注 夏場に向けて武漢コロナウィルスが終息)を始めている。

だが大本営も将校連中も従軍記者もそして政治家も、みんなこぞって恐怖に駆られ、機銃手に命じて叫ぶ。
「とにかく撃ちまくれ」。

だが早晩弾は尽きる。
闇の先(タコ注 来るべき11月以降)では敵の本隊が静かに総攻撃の準備をしている。

以下は
PCR検査の目詰まり、「輸入頼み」の試薬確保にも課題
https://www.asahi.com/articles/ASN5N5FHJN5DULBJ00P.html

大阪府民のPCR検査を担う大阪健康安全基盤研究所(大阪市)の本村和嗣ウイルス課長は5月上旬、検査で欠かせない試薬類の確保に頭を悩ませた。
「発注どおりの数が来ない。クラスター(感染者集団)がいくつか発生すると余裕がなくなる。そういう事態に備えて余裕を持ちたいのだが……」。

5月半ばに入り、新規の感染者数は減る傾向にあるが、まだ危機感はある。
PCR検査を行う東日本の病院の医師も、
「一時は、試薬の納品まで1、2週間かかるといわれた。10箱頼んでも最初に届くのは3、4箱だった」と話す。
(中略)
日本でも海外製品頼みの現状を改善するため、国内メーカーが動き出した。
タカラバイオ(本社・滋賀県)や富士フイルム和光純薬、東洋紡(いずれも本社・大阪)などが開発、生産態勢を強化。
富山県に製造拠点を持つニッポンジーン(本社・東京)は、4月下旬から、研究用試薬について公的医療機関などに10万検体分のRNA抽出キットの無償提供を始めた。

しかし、
試薬だけ増産できても問題が解決するわけではない。
検査事情に詳しい国立病院機構仙台医療センター臨床研究部の西村秀一・ウイルスセンター長は
「国内で試薬が増産されるのは喜ばしいが、使える機器が限られ、その生産も主に海外が握ってきた。
試薬のキットと機器の相性もあり、設備を更新したり新規導入したりするにも各施設に購入の余裕があるかどうか」と難しさを指摘する。

日本医師会の新型コロナ有識者会議が設置したPCR検査に関するタスクフォースは今月中旬、中間報告書をまとめた。
PCR検査の試薬については
「海外に依存し、輸入の見込みがたたない」などと言及。

「安定した機器・試薬供給のため、国家戦略的な国内医療産業基盤づくり」が必要だと提言している。(熊井洋美)

以上引用終わり。

以下は間に合いますかね?

リアルタイム One-Step RT-PCR法に対応した新型コロナウイルス(nCoV)陽性コントロールRNAの販売提供を開始いたしました。
http://ngrl.co.jp/topics/3314


富士フイルム和光純薬,全自動でPCR検査の簡便・迅速化を実現
新型コロナウイルス用遺伝子検出試薬「ミュータスワコー COVID-19」(研究用試薬) 新発売全自動遺伝子解析装置「ミュータスワコー g1」用
https://www.innervision.co.jp/sp/products/release/20200634
2020-5-8発表。
全自動遺伝子解析装置と抽出&検査試薬。

唾液による新型コロナウイルスのPCR検査が可能になりました
https://ir.takara-bio.co.jp/ja/news_all/news_Release/newsr_202767212m006ta13941635_200602.html

タカラバイオ株式会社
http://catalog.takara-bio.co.jp/product/basic_info.php?unitid=U100009316

SmartAmp™ 2019新型コロナウイルス検出試薬
https://www.dnaform.jp/ja/products/snp_assay/smartamp_kit/
研究用で行政検査試薬では無いとのこと。

新型コロナウイルス RT-PCRプローブ異なる色素でも提供開始いたします。
http://ngrl.co.jp/topics/3319

https://www.kanto.co.jp/media/2020/05/15/42
韓国最大手製のPCR検査キット。
しかし、欧米等で感度が四割しかないダメ試薬と報道したのと同じだと思われる。

関東化学株式会社製造の検査する前にウイルスの外郭を溶かして中のRNAを取り出すための検査前試薬
https://products.kanto.co.jp/web/index.cgi?c=t_product_table&pk=492&_ga=2.161690047.209329132.1591165809-583997410.1591165809
性能が良くないのか余り使われていない模様(適当)。

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